十几岁时成为孤儿，弗朗哥·巴雷西于1974年加入AC米兰青年队，并最终成为一代人的象征。他陪伴红黑军团经历两次降级，走过1982年世界杯，在阿里戈·萨基和法比奥·卡佩罗麾下赢得无数荣耀，整个职业生涯都奉献给了这家俱乐部。
巴雷西的职业生涯漫长而辉煌，而他从小就在克服重重困难中成长。他在特拉瓦利亚托的体育联合会青训体系长大，14岁时失去双亲，但像哥哥贝佩一样，他紧紧抓住足球不放。1974年，在俱乐部高管圭多·塞滕布里诺的推荐下，他加入了米兰青训，此前他曾被自己支持的球队国际米兰拒绝。
转折点出现在1978年，尼尔斯·利德霍尔姆给了他意甲首秀的机会。随后的赛季，他成为球队夺得意甲冠军的关键球员之一，迅速赢得俱乐部信任，甚至得到了传奇人物詹尼·里维拉的认可——尽管巴雷西后来承认，自己始终没敢和里维拉说话。年仅22岁时，他接过了红黑军团的队长袖标，成为球队领袖。
接下来的岁月既有巨大喜悦，也有艰难时刻。他经历了米兰两次降级，一次是托托内罗假球丑闻之后，另一次是1982年；他还战胜了一场迫使他休战数月的重病。尽管众多俱乐部向他抛出橄榄枝，巴雷西始终选择忠于米兰，也正是在这里，他书写了历史。
1986年西尔维奥·贝卢斯科尼入主，标志着俱乐部复兴的开始；1987年阿里戈·萨基出任主帅，则完成了复兴的最后拼图。与路德·古利特、马尔科·范巴斯滕，以及后来的弗兰克·里杰卡尔德并肩作战，这位队长带领红黑军团赢得1988年意甲冠军、1989年和1990年欧洲冠军杯，开启了俱乐部历史上最辉煌的时期之一。那些年，他与迭戈·马拉多纳的对决成为传奇，马拉多纳甚至在一场经典的那不勒斯对阵米兰的比赛后，特意穿上巴雷西的球衣向他致敬。
法比奥·卡佩罗接掌帅印后，又一个成功时代开启。米兰再夺四次联赛冠军，并在1994年赢得欧冠冠军。国家队方面，巴雷西在1992年一度告别，后应萨基之邀回归，参加了1994年世界杯。那届赛事最终在帕萨迪纳的决赛中点球大战不敌巴西，巴雷西成为意大利首位罚失点球的球员——彼时他刚刚经历半月板撕裂仅25天，却依然奉献了出色表现。
职业生涯的最后几年，他继续为米兰倾尽所有，还随队捧起1996年联赛冠军。1996/97赛季是他作为球员的最后一个赛季。1997年6月，巴雷西宣布退役，结束了一段完全属于红黑军团色彩的职业生涯，他也因此成为意大利足球历史上最伟大的偶像之一。