西班牙未能参加1938年世界杯，内战让球队留在了国内。意大利的参赛充满政治色彩，奥地利获得资格后因德奥合并退出，瑞典不战而胜，部分奥地利球员加入了德国队。
内战期间，西班牙足球仍有重要赛事。比赛一直持续到7月18日，最后一届共和派奖杯是“自由西班牙杯”，莱万特在萨里亚球场1比0击败瓦伦西亚，阿古斯丁·多尔茨助攻涅托打入制胜球，战胜了门将安托利。西班牙议会承认了这一冠军头衔，但足协至今未予认可。比赛中还发生了斗殴，胡安·拉蒙和马丁内斯被罚下。
俱乐部的控制权沿着战线分裂，民族主义区由军事领导人掌控，共和派区则由工会管理。马德里（不包括皇家马德里）由安东尼奥·奥尔特加·古铁雷斯领导，他是一名宪兵上校，通过举办活动维持俱乐部运转，后来在阿利坎特的圣巴巴拉城堡被处决。皇家马德里从未将他列为主席。瓦伦西亚则由包括卡洛斯·伊图拉斯佩在内的雇员管理，主席何塞·罗德里格斯·托尔塔哈达在战后入狱，后来获得俱乐部认可。何塞·巴列斯特·戈萨尔沃前往巴黎，莱万特已将他的遗骸运回。
政变前，西班牙在1935年1月击败法国，随后在5月3比3战平葡萄牙，拉加雷打进两球，戈罗斯蒂萨一球。1936年1月，奥地利在马德里5比4战胜西班牙，拉加雷和路易斯·雷盖罗各进两球。民族主义当局与葡萄牙进行了两场比赛：1937年11月27日在维戈1比2失利，平加和瓦拉达斯进球，加利亚特为西班牙得分；1938年1月30日在里斯本0比1告负。青年团体高呼支持萨拉查和佛朗哥的口号，气氛紧张。西班牙在1941年回归国际赛场，在里斯本2比2战平葡萄牙，坎帕纳尔和埃斯科拉进球。战争流放了一代杰出球员。